2021年3月35日 sig-BIO 双周例会会议纪要

sig-bio 第二次例会：

轮值会议主持人：杨昭

下次会议主持人：何仁贵

时间：2021年3月25日 10：00 - 11：00

参会人员：杨昭、周中元、杨剑、陈衎、程鑫鑫、李秋雨、王悦良、罗檬、shaojie zhang、qiguoqiang、yuanshaoxun、荣誉、何仁贵、杜奕威、qun

上次会议遗留问题：

1、针对生信软件在arm平台支持不好的问题，如何解决，如何获取鲲鹏技术人员的支持

    结论：

        1. 已经梳理arm平台支持较差的软件

        2. 陈衎帮忙联系，华为内部团队协助处理

        3. 华为内部已经在跟踪GCTA软件支持问题

        4. 联系社区是否有人员协助

2、生信软件多版本管理问题的解决方案

    结论：

        1. 联系app stream，release团队夏森林

        2. 主要解决GATK多版本问题

3、如何在麒麟和高校生信实验室之间展开生信画图工具的合作开发计划？

    结论：

        1. 后期长期推进

        2. 需要跟进高校实验室诉求

4、如何在openeuler上孵化出模块化的数据分析平台？

    结论：同上

本次会议议题：

1. GCTA软件技术分享，以及适配arm64架构的问题讨论    ——杨剑、周中元

    结论：

        1. 当前开放源码，未托管到公共仓库，正在推进开源平台托管及社区化运作

        2. 当前与MKL绑定仅因为性能，后续与华为同事对接arm平台优化

        3. GPL协议，后期社区化托管平台及其他事项可详细讨论

    其他：

        1. SMR、OSCA、GSMR等软件的移植等

        2. GCTB由另一个博士生维护。

    适配问题：

        1. 依赖intel MKL库，当前正在考虑做接口修改适配

        2. GCTA依赖x86指令集架构

        当前需要新团队维护GCTA软件，无法提供人力协助

        可考虑直接切回eigen

        3. GCTA依赖第三方库plink2，旧版本不支持arm架构。

        之前评估plink2依赖库新版本改动太大，替换成本过高，建议独立维护。

        4. eigen依赖包编译同样依赖MKL，当前修改编译选项跳过依赖

2. 生物信息在群体遗传上的应用及具体课题成果分享  ——张少杰

     结论：

        1. 流程固定，希望整合数据处理软件为软件平台

        2. 生信软件较多，60款可能仅适用单个领域分析流程

        3. 如果有软件平台设计方案，可以考虑组织线下会议深入交流