sig-bio双周例会

时间：2021年5月27日 10:00 - 11:00

参会人员：何仁贵、杨昭、江丰、周中元、荣誉、qiguoqiang、罗檬、高琨、王悦良、杜奕威、fangchunlin


本次会议议题：

1. BIGC生信应用场景及软件清单 -- 江丰

    常用编程语言：Python主要使用python3，R语言使用3.x和4.0+版本，perl有少量使用

        测序数据处理软件，一般使用最新版本，主要有

            质控预处理：fastqc，trim_galore，fastp，Trimmomatic，cutadapt，HiCUP，

            比对：bwa，bowtie1，bowtie2（bowtie1和2使用场景不同，2使用较多，1在特定场景会用），hisat2，STAR 

            比对结果继续处理：MACS2，samtools（1.9之前在1.9之后读取会有问题，1.9比较多，向下兼容不好），bcftools，GATK，juicer，homer，HiC-pro（后三个版本不敏感）

        GWAS全基因组关联分析

            SHAPEIT2/3/4：2版本用的少，场景不同；3版本用于超大规模分析；4版本21年刚出，功能更强大

            plink1.9/2：1.9用的多；2重写了1.9，速度快，功能没有全部迁移；1.07很少用

            impute2(基因型推断)，GCTA(全基因组分析关联)，SMR(孟德尔随机化)，FINEMAP(精细定位)，fastQTL(计算数量性状基因座)，1dsc(遗传力计算)，MAGMA(注释GWAS相关基因)

        其他类型

            conda，pandaseq，ASHIC，SNPsplit，HAPCUT2，meme，scqtk/scqkit，vcftools，genix，bwtool，

            bedtools 2.30依赖python2.25

    软件使用场景分享：

        表达数量性状基因座（eQTL）计算

        高通量染色质构像捕获（Hi-C）数据处理

    软件适配验证：

        生信软件适配测试难度大，测试数据或者样例不好找，软件适配完成后，需要请江丰帮忙验证


2. 单细胞转录组生信云平台 --罗檬

    生信云平台 SC2Cloud

        提供5种分析流程

        需要在华为云上基于openeuler运行

        移植阻塞问题：当前openeuler对比ubuntu软件差的比较多，而且移植到arm平台时，很多docker镜像只有X86的。

    sig-bio协助开发，加快移植进度：

        1. docker镜像适配

            docker在openeuler已经提供

            用于前端展示的tomcat已经适配openEuler20.03-LTS-SP1

            STAR已经适配openEuler，因与star名字冲突，改为c-STAR(https://gitee.com/src-openeuler/c-STAR)，当前仅在主线分支。

        2. 先做最常用的转录组


遗留问题：

        1. 高校用户怎么拿到已经适配的生信软件包

        2. 生信云平台适配，涉及软件和docker镜像适配 - 中元与罗檬对接

   

 

From: "zhouzhongyuan96 <zhouzhongyuan96@163.com>"

To: "tc@openeuler.org <tc@openeuler.org>"

Sent: 2021-05-26 21:02

Subject: [Tc] �ظ����ظ�: [Dev] ��ӭ����걨���� ��ת��: sig-bio˫������【请注意，邮件由tc-bounces@openeuler.org代发】

申报议题：
           单细胞转录组生信云平台 --罗檬  
 
---- 回复的原邮件 ----
发件人江丰<jf1996ex@qq.com>
发送日期2021年05月25日 10:48
收件人zhouzhongyuan96 <zhouzhongyuan96@163.com>,tc@openeuler.org<tc@openeuler.org>
主题回复：[Tc] 回复：[Dev] 欢迎大家申报议题 ！转发：sig-bio双周例会
Hello,

 
       申报议题：BIGC生信应用场景及软件清单 -- 江丰

 

 
江丰

 
------------------ 原始邮件 ------------------
发件人: "zhouzhongyuan96" <zhouzhongyuan96@163.com>;
发送时间: 2021年5月25日(星期二) 上午10:42
主题: [Tc] 回复：[Dev] 欢迎大家申报议题 ！转发：sig-bio双周例会

 
在2021年5月25日 09:49，zhouzhongyuan96<zhouzhongyuan96@163.com> 写道：

--------- 转发邮件信息 ---------

发送日期： 2021年5月25日 09:28
主题： [Dev] sig-bio双周例会

您好！

openEuler sig-bio SIG 邀请您参加 2021-05-27 10:00 召开的ZOOM会议(自动录制)

会议主题：sig-bio双周例会

会议内容：sig-bio双周例会，欢迎大家申报议题。
         

会议链接：https://us06web.zoom.us/j/82330174392?pwd=eE5nTmFpWVRLc25zS1FxN09peFhyZz09

温馨提醒：建议接入会议后修改参会人的姓名，也可以使用您在gitee.com的ID

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Hello!

openEuler sig-bio SIG invites you to attend the ZOOM conference(auto recording) will be held at 2021-05-27 10:00,

The subject of the conference is sig-bio双周例会,

Summary: sig-bio双周例会，欢迎大家申报议题。
         

You can join the meeting at https://us06web.zoom.us/j/82330174392?pwd=eE5nTmFpWVRLc25zS1FxN09peFhyZz09.

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